Em 2287, Kirk e os outros estão em exílio forçado em Vulcano,
acompanhando o progresso de Spock enquanto ele recorda seu passado.
Na Terra,
o Embaixador Klingon exige ao Conselho da Federação que Kirk seja
julgado por suas ações contra os Klingons no planeta Gênesis.
O Embaixador Sarek nega o pedido de extradição de Kirk e o defende
perante o Conselho. O Conselho concorda em não entregar Kirk aos
Klingons, mas exige que ele retorne à Terra para enfrentar as
conseqüências de ter violado nove regulamentos da Frota Estelar.
Kirk decide voltar e enfrentar as acusações. Spock decide voltar
junto com seus amigos.
Ao voltar,
a tripulação encontra a Terra ameaçada por uma sonda alienígena
desconhecida, que está sugando toda a energia e também está vaporizando
os oceanos, produzindo uma nuvem ao redor do planeta que começa
a bloquear os raios solares. Por causa dos problemas que assolam
o planeta, o Presidente da Federação alerta para que todas as
naves mantenham distância da Terra.
Spock consegue
identificar a inusitada comunicação da sonda, e descobre que é,
na verdade, uma transmissão destinada a extintas baleias corcundas.
Kirk e sua equipe concluem que a única forma de salvar a Terra
é voltar no tempo, mais precisamente ao século XX, quando aquelas
baleias ainda existiam e trazer ao presente um par desses animais.
Com sorte, essas baleias responderiam ao sinal da sonda e a Terra
seria poupada.
A tripulação
viaja no tempo usando a nave Klingon, já que a Enterprise foi
destruída. Eles detectam sinais de baleias vindos da costa oeste
da América do Norte. Eles pousam a nave em um parque em São Francisco
– e esta fica escondida graças ao seu dispositivo de camuflagem.
Contudo, a
viagem temporal danificou os cristais de dilithium da nave. O
grupo, então se separa: Uhura e Chekov vão localizar um reator
nuclear e conseguir fótons para recarregar a nave; McCoy, Scotty
e Sulu têm de preparar um tanque no compartimento de carga a fim
de acomodar um par de baleias e algumas toneladas de água; Kirk
e Spock vão localizar as baleias.
Em sua busca,
Kirk e Spock descobrem a Dra. Gillian Taylor e seu par de baleias
– George e Gracie. Devido a cortes no orçamento do Instituto
Cetáceo, onde as baleias estão em exibição, elas terão de ser
soltas em mar aberto. Gillian acredita que as baleias correrão
perigo, por causa dos caçadores de baleias. Quando Spock mergulha
no tanque das baleias e faz um elo mental com uma delas, descobre
que Gracie está grávida. Kirk tenta convencer Gillian de que ele
é do futuro e de que a Frota Estelar cuidará muito bem de suas
baleias. Porém, Gillian, obviamente não acredita nele.
Enquanto McCoy
e Scotty conseguem o material necessário para fazer o tanque para
as baleias, Chekov e Uhura localizam o porta-aviões U.S.S. Enterprise
CVN65 e obtêm a energia necessária. Uhura se transporta de volta
à nave, mas Chekov é capturado e interrogado por agentes do FBI.
Ele tenta escapar, mas acaba sofrendo uma queda e sendo hospitalizado,
em condição crítica.
Kirk consegue
convencer Gillian a ajudá-lo com as baleias e também a resgatar
Chekov. Gillian, McCoy e Kirk vão ao hospital; McCoy rapidamente
salva Chekov, graças à tecnologia do século XXIII, e os três conseguem
retirar Chekov do local.
Ao voltarem
ao parque, Kirk se despede de Gillian, afirmando-lhe que as baleias
estarão seguras e que elas salvarão todo o planeta no futuro.
Quando Kirk está se transportando para a nave, Gillian o abraça
e é transportada junto com ele.
Usando a freqüência
dada por Gillian , eles conseguem localizar as baleias. Eles transportando
Gracie e George à bordo, junto com algumas toneladas de água,
no momento em que estão sendo ameaçados por caçadores de baleias.
O grupo volta
ao século XXIII utilizando a mesma manobra que os levou ao passado.
Chegando à Terra, a nave fica sem força por causa da sonda e acaba
caindo na Baía de São Francisco. As baleias são libertadas e respondem
à sonda. Aparentemente satisfeita, a sonda deixa o sistema e volta
ao espaço profundo.
Com a Terra
em segurança, Kirk e sua tripulação são levados a julgamento perante
o Conselho da Federação por terem roubado e destruído a USS Enterprise
ao resgatarem Spock. Embora Kirk tenha desobedecido ordens diretas
e violado várias leis da Federação, o Conselho elogia e agradece
a Kirk e seu grupo por terem salvo a Terra. Kirk é rebaixado ao
posto de Capitão, o que não o deixa triste, pois conseguiu de
volta o que sempre quis : o comando de uma nave estelar. E a ele
e sua tripulação é dada uma nova Enterprise, a NCC 1701-A.
