A Enterprise retorna para casa após a batalha com Khan. Os cadetes
são enviados a outras naves. Kirk ainda lamenta muito a morte
do amigo Spock. Alguém invade os aposentos de Spock, que Kirk
tinha mandado lacrar. Kirk vai lá pessoalmente e ao chegar ouve
a voz de Spock perguntando porque seu corpo foi abandonado no
planeta Gênesis. O invasor é McCoy, que está à beira de um colapso
nervoso.
Chegando
na doca espacial, a tripulação pode ver a USS Excelsior, uma nave
muito maior que a Enterprise e que tem um sistema de propulsão
mais rápido, o transwarp. O Almirante Morrow revela que a Enterprise
será descomissionada, ao invés de passar por reparos. Ele também
conta que o dispositivo Gênesis é um assunto que não pode ser
discutido abertamente e que o recém-formado planeta foi decretado
fora dos limites pelo Alto Comando da Frota Estelar. Scotty é
designado para servir na USS Excelsior; e ao resto da tripulação
é prometida uma longa licença.
Sarek
confronta Kirk sobre a morte de Spock. Os dois desconfiam que
Spock transferiu seu katra para McCoy antes de morrer. Sarek diz
para Kirk que o corpo do filho deve ser levado para Vulcano junto
com o Dr. McCoy para que se possa depositar o katra de Spock no
Monte Seleya. Porém, o Alto Comando se recusa a liberar a Enterprise
e sua tripulação. McCoy sai do hospital e tenta retornar ao planeta
Genesis sozinho, mas é preso.
Kirk,
Scott, Sulu, Uhura e Chekov libertam McCoy e se transportam para
a Enterprise. Para evitar uma perseguição, Scott sabota a USS
Excelsior. Sabendo que provavelmente já destruíram suas carreiras,
eles levam a Enterprise para uma última viagem.
Enquanto
isso, o Klingons descobrem sobre o dispositivo Gênesis, e temem
que este seja uma nova arma da Federação. Liderados pelo Capitão
Kruge, eles têm por missão capturar ou destruir o dispositivo.
À bordo
da U.S.S. Grissom, David Marcus e a Tenente Saavik chegam ao Planeta
Gênesis para observação científica. Eles captam a leitura de uma
forma de vida na superfície, e, curiosos, se transportam para
lá, onde encontram o caixão de Spock vazio. Seguindo a leitura
da forma de vida, eles descobrem, para sua surpresa, uma criança
vulcana. Esta criança é Spock, sem consciência ou espírito, e
que está envelhecendo rapidamente junto com o planeta.
Os Klingons
chegam ao planeta Gênesis, destroem a Grisson, e fazem Marcus,
Saavik e o pequeno Spock prisioneiros. Logo depois, a Enterprise
chega ao setor e fica seriamente avariada após ser atacada pela
nave Klingon. Kirk tenta um blefe para retomar o controle da situação
e salvar a vida dos prisioneiros, mas não é bem-sucedido e os
Klingons matam seu filho David Marcus.
Sem
outra escolha, Kirk se rende, mas, num último esforço, ele aciona
o mecanismo de auto-destruição da Enterprise. A pequena tripulação
se transporta para a superfície do planeta enquanto a Enterprise
explode levando consigo grande parte da tripulação da nave Klingon.
Kirk
e os outros resgatam Saavik e Spock. Eles descobrem que um elemento
instável usado no dispositivo Gênesis ameaça a estabilidade do
planeta, que está prestes a explodir. Enquanto isso, Spock alcança
a idade que tinha ao morrer.
À bordo
de sua nave, Kruge ainda está vivo e muito bravo com a perda de
sua tripulação. Ele se transporta para a superfície do planeta
e luta com Kirk. Kruge morre. Então, Kirk e seu pessoal escapam
na nave klingon, enquanto o planeta explode.
Sob
a proteção diplomática de Sarek, a nave klingon chega a Vulcano.
Sarek solicita que seja realizado o "fal-tor-pan",
uma cerimônia em que o Katra de Spock, que está na mente de McCoy,
é transferido para o corpo de seu dono.
O ritual
é realizado com sucesso, e Spock começa uma longa jornada para
se lembrar de seu passado e seus amigos. Ele pergunta a Kirk porque
eles arriscaram tudo para salvá-lo, e Kirk lhe responde que, às
vezes, as "necessidades de um superam as necessidades
de muitos."
